История создания
В 1721 году в северной части Спасо-Прилуцкого монастыря была построена больничная церковь, соединённая с корпусом братско-настоятельских келий, вытянувшимся параллельно северо-западной стене монастыря. Ранее на этом месте находился небольшой каменный храм, воздвигнутый в 1624 году.
Архитектурные особенности (описание) объекта
Композиция и декор строго симметричных фасадов церкви выполнены в духе классицизма. Двусветный объём, возвышающийся над корпусом келий, завершён на каждом из фасадов треугольным фронтоном. Здание покрыто большим сферическим куполом, увенчанным сферической главой с крестом, помещённой на световой барабан в виде ротонды с большими окнами с арочным завершением и поддерживающими карниз колоннами. Декор церкви скромен: окна второго света южного фасада украшены сандриками на консолях, карнизы – «сухариками».
Перестройки, утраты, реставрационные работы
В конце XVIII века храм сильно пострадал от двух пожаров и долгое время оставался упразднённым. Лишь в 1846 году, после значительных перестроек, церковь была восстановлена и приобрела свой нынешний облик.
В советское время храм лишился главы. В 1980-е годы во время реставрации церкви во имя Всех Святых по проекту Г.П. Белова и С.Г. Ширшовой восстановлены формы здания 1846 года.

В 2024 году Фонд «Наследие Русского Севера» начал ремонтно-реставрационные работы на Всесвятском храме, в ходе которых произведена расчистка, покраска и герметизация кровли. Выявленная аварийная деревянная главка с крестом была демонтирована, а вместо нее была изготовлена новая металлическая конструкция, выполненная из нержавеющей стали с позолотой.
В апреле 2025 года Митрополит Вологодский и Кирилловский Савва освятил новый купол и крест для храма Всех святых Спасо-Прилуцкого монастыря. Затем они были подняты на своем место.
Директор фонда «Наследие Русского Севера», священник Сергий Зяблицкий отметил: «Для обители реставрация Всесвятского храма — это долгожданное событие. На протяжении последних тридцати лет храм обветшал: кровля стала протекать, а главка еле держалась на своем месте. Найти средства на реставрацию было непросто. Наш фонд, созданный Вологодской епархией для сохранения культурного наследия Вологодчины, помог не только с необходимыми документами и получением разрешения на проведение работ, но и с самим производством работ».
Отреставрированная церковь Всех святых будет использоваться в качестве храма для учащихся Вологодской духовной семинарии.